令和8年9月、国税庁の次世代システム「KSK2」始動
──医療法人・MS法人が今のうちに整理しておきたいこと

令和8年9月、国税庁の基幹システムが、現行のKSK（国税総合管理）システムから、次世代システム「KSK2」へと本格移行します。ここで大切なのは、「KSK2が導入されるから、税務調査が厳しくなる」という単純な話ではない、という点です。KSK2そのものが調査の方針を変えるわけではなく、調査を支える情報基盤が高度化する、という位置づけで捉えるのが正確です。

KSK2で変わること

現行のKSKシステムは、平成7年に導入が始まり、すでに四半世紀が経過しています。国税庁は、KSK2の開発コンセプトとして、次の3点を示しています。

• 書面中心からデータ中心の事務処理へ（紙からデータへ）
• 税目別・事務系統別のデータベース・アプリケーションの統合（縦割りシステムの解消）
• 独自の大型コンピュータ（メインフレーム）から、オープンなシステムへの刷新

このうち、実務上とくに関係が深いのが2点目です。現在、税目別となっているデータベースやアプリケーションが統合されることで、税目をまたいだ情報の活用が、より効率的になると考えられます。

医療法人とMS法人にとって、何が変わり得るか

医療法人・MS法人では、法人と個人、親族間の取引は、これまでも総合調査で確認される重要な論点でした。KSK2の導入により、調査に必要な情報を横断的に把握・活用しやすくなると考えられます。

税務調査に備えて確認しておきたい6項目

以下は、医療法人・MS法人において税務上問題となりやすく、税務調査に備えて確認しておきたい代表的な論点です。個別の事情によって確認事項は異なりますが、まずはこれらの項目を点検しておくとよいでしょう。

まとめ：「根拠を残す」という、変わらない基本

KSK2で税務上のルールそのものが変わるわけではありません。むしろ、これまでも重要だった「取引の実態や合理性を、資料に基づいて説明できる状態にしておく」という基本が、引き続き重要になります。

• KSK2は令和8年9月に本格導入。税目別データベース・アプリケーションの統合などが進む
• KSK2自体はデータ基盤であり、AIが調査を行うシステムではない
• 医療法人・MS法人の法人・個人・親族間の取引は、これまでも総合調査の重要論点
• 家賃・業務委託料・役員報酬・株式評価・親族給与・貸付金の6項目を点検しておく
• 金額の妥当性に加え、議事録・契約書など「意思決定の記録」が重要